臺東航空站成立於民國七十年十月一日，並於七十九年七月兼管蘭嶼與綠島航空站。九十年六月一日升格為乙種航空站。為配合政府產業東移政策及發展觀光人潮之需求，自九十年九月一日起於現址左側擴建二層之鋼骨結構建築與既有候機室銜接，擴增航站面積2040平方公尺，並於九十三年一月五日啟用。

綠島機場建於民國六十一年，當時由警總綠島地區警備指揮部管理，民國六十六年由民航局與省政府撥款改建。民國七十三年再度擴建完成後移交臺東縣政府接管，並由綠島鄉公所負責管理、維護。為配合綠島風景特定區開發，繁榮地方，於民國七十九年七月由民航局正式接管，旋於84年10月完成擴建跑道、機坪，新建航站大廈、塔台、宿舍等發展，迄今規模。

蘭嶼總面積43.74平方公里為台灣第二大離島，位於臺東外海東南方50浬，機場座落於西南隅，民國五十九年由軍方職訓總隊管理，隸屬於警總蘭嶼地區警備指揮部。民國六十六年由民航局與省政府撥款改建。民國七十、七十一年間再撥款辦理停機坪遷建、新建候機室、塔台及停車場工程。民國七十三年十月移交臺東縣政府接管，由蘭嶼鄉公所負責管理、維護。為加強民航服務，民國七十九年由民航局正式接管，同年七月再度擴建，發展迄今規模。