本站於90年6月1日升格為乙種航空站，依據「民用航空局所屬航空站組織規程」，置主任一人，下設業務、航務、總務三組及會計、人事、政風三室。目前僅業務、航務組組長、會計室主任到任，其餘總務、人事、政風均尚未補實，仍由承辦人兼辦直接向主任負責。 本站兼管蘭嶼、綠島航空站，除航務管理由二個航空站航務值班 人員自行依規定執行外，一般業務均由本站辦理。

本站人員配置如下：
一、 台東航空站：職員13人、技工、工友28人、約僱人員3人。
二、 綠島航空站：職員5人、技工、工友10人。
三、 蘭嶼航空站：職員6人、技工、工友9人。
四、 員級人員合計24人、工級47人、約僱人員3人。



業務職掌：
一、 主任：綜理航站業務。
二、 業務組：掌理場站之營運管理、施政計劃、業務考管、設備維護、文書、財產、出納與旅客服務等事項。
三、 航務組：掌理飛安、航空人員及航空器之查驗、機場消防、救護等事項。
四、 會計室：掌理會計、歲計、統計等事項。
五、 人事室：掌理人事管理業務。
六、 政風室：掌理品德考核、政風督導。