本站人員配置如下：
一、 臺東航空站：職員13人、技工、工友28人、約僱人員11人。
二、 綠島航空站：職員5人、技工、工友9人、約僱人員1人。
三、 蘭嶼航空站：職員5人、技工、工友7人、約僱人員1人。
四、 員級人員合計23人、工級44人、約僱人員13人。