蘭嶼航空站建造於民國 53 年 11 月完成。由當時軍方職訓總隊代管，隸屬蘭嶼地區警備指揮部。民國 66 年由民航局與省政府撥款改建候機室。又於民國 71 年民航局再撥款辦理停機坪遷建，新建內外候機室、塔台及停車場工程。民國 73 年 10 月移交台東縣政府接管，由蘭嶼鄉公所負責管理及維護。並加強對民眾之服務，民國 79 年民航局正式接管，由台東航空站負責督導。同年 7 月再度擴建新航站大廈於 84 年 10 月 3 日啟用，由劉部長兆玄剪綵啟用迄今。
航站設備
無線網路設備
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場站設備
| 航站總面積 |
|
|---|---|
| 停機坪面積 | 6880平方公尺 （可停放 DHC-6 型機二架、直昇機一架） |
| 跑道長度 | 1132公尺 （僅供小型航機起降） |
| 跑道寬度 | 24公尺 （僅供小型航機起降） |
| 停車場 | 設置遊覽車3個、汽車停車位18個、機車位88個、身心障礙車位汽車2個、身心障礙機車1個。 |
| 消防車輛 | 1500加崙泡沫消防車乙台。 |
| 夜間助航設施 | 無。（備有直昇機坪乙座提供緊急醫療後送救護任務） |
駐站單位聯絡電話
