台東空港は1981年10月1日に設立し、1990年7月に蘭嶼と緑島空港も兼ねて管轄することとなりました。2001年6月1日には乙種空港に昇格。政府の産業東部移動政策と観光発展の需要に合わせ、2001年9月1日より現所在地の左側で二層の鉄筋構造建築の拡張建設と既存の待合室の連結が行われ、空港の敷地面積を2040㎡拡張して2004年1月5日に利用を開始しました。    

蘭嶼空港は1964 年 11 月に建設が完了。当時の軍の技能訓練総隊により代理管理され、蘭嶼地区の警備指揮部に属していました。1977 年、民用航空局と省政府からの割り当て金により待合室を改修。また、1982 年には民間航空局から再度支給された資金で駐機場の移築を行い、新たに内外の待合室、管制塔、駐車場を建設しました。 1984 年 10 月に台東県政府へと管理が移され、蘭嶼郷役所が管理及びメンテナンスを担当。また市民へのサービスが強化され、1990 年に民間航空局が正式に管理を引き継ぎ、台東空港が監督指導を担当しました。同年 7 月に再び新空港ターミナルの拡張建設が行われ、 1995 年 10 月 3 日に利用を開始。劉兆玄部長によるテープカットで開幕し、現在に至ります。    

緑島空港は1972年に建設され、当時は台湾警備総司令部の緑島地区警備指揮部が管理していました。1977年に民間航空局と省政府による割り当て金で改修が行われました。1984年に再度拡張建設が行われ、完成後台東県政府に管理が移されると、また緑島郷役所が管理、メンテナンスを担当。緑島風景特定区の開発、地方繁栄に合わせ、1990年7月に民間航空局から正式に管理を引き継ぎ、1995年10月に滑走路、駐機場の拡張建設が完了。新たに空港ターミナルビル、管制塔、宿舍等が建設され、現在の規模に至ります。緑島空港は台東空港が監督指導と管理を担当しています。