当空港は2001年6月1日に乙種空港に昇格しました。「民用航空局所属空港組織規程」に基づいて主任1名を置き、その下に業務、航務、総務の3課及び会計、人事、政風の3室を設置。現在は業務、航務課の課長、会計室の主任のみ着任しており、その他総務、人事、政風は担当が欠員のため、引受人が主任を兼任しています。当空港は蘭嶼、緑島空港の管轄も兼ねており、航空業務の管理は2名の担当者により規定に基づいて行われているほか、一般業務もすべて当空港が執り行っています。

1. 台東空港：職員13名、エンジニア28人、契約スタッフ3名。
2. 緑島空港：職員5名、エンジニア10名。
3. 蘭嶼空港：職員6名、エンジニア9名。
4. 職員合計24名、エンジニア47名、契約スタッフ3名。

• 主任：空港業務の管理統轄
• 業務課：空港の運営管理、政策の計画、業務テスト管理、設備メンテナンス、文書、財産、出納、旅客サービス等の処理。
• 航務課：飛行安全、航空スタッフ及び航空機の検査、空港消防、機救護等の処理。
• 会計室：会計、年間の収支計算、統計等の処理。
• 人事室：人事管理業務の処理。
• 政風室：モラル審査、政府部門の業務監督指導。