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本站於90年6月1日升格為乙種航空站，依據「民用航空局所屬航空站組織規程」，置主任一人，下設航務組、業務組、企劃行政組、主計室、兼任人事、兼辦政風、綠島站、蘭嶼站等單位。
本站組織配置如下
機場業務組織架構
業務職掌
主任 ：綜理航站業務。
業務組：掌理場站之營運管理、業務考管、設備維護、與旅客服務等事項。
航務組：掌理飛安、航空人員及航空器之查驗、機場消防、救護等事項。
企劃行政組: 掌理施政研考、文檔收發、財產、出納等事項。
主計室：掌理會計、歲計、統計等事項。
人事：掌理人事管理業務。
政風：掌理品德考核、政風督導。
